堂开设四种课程:义理之学、经世之学、考据之学和词章之学。义理之学，包括孔学、佛学、周秦诸子之学、宋明理学、泰西哲学等;经世之学，包括有政治原理学、中国政治沿革得失、万国政治沿革得失、政洽应用学、群学等;考据之学，包,}中国经学、史学、万国史学、地理学、数学、格致学等;词章之学，包括中国词章学、外国语言文字学。这些课程，虽然还是以传统的学术为主干，但与当时专学八股，帖括词章的传统学堂形成了鲜明的对比。在体育方面，除规定上体育课之外，康有为又将体育与习礼结合起来，离体育于礼仪音乐之中，并举行兵操和射击练习。在弟子们的帮助下，康有为编着《新学伪经考》和《孔子改制考》，托古改制，宣传今文经说，鼓吹变法维新。起初有学生不满20人，后增至00多人，培养出一批著名的维新变法人才，其中梁启超、麦孟华、徐勤等成为戊戌变法的骨干。1894年康有为赴北京参加会试，学堂刊贫停办。1896年后又有短期讲学活动。由于万木草堂明确提出中体西用为办学宗旨，而且采用中西并重的教育内容，对当时的书院教学影响很大。后来梁启超在湖南主讲时务学堂时，基本上承袭了万木草堂的办学精神。
第二，康有为把西方政治资本主义学说同传统儒家思想相结合宣传维新变法，撰写了《新学伪经考》和《孔子改制考》，奠定资本主义维新派进行变法的理论基础。
第三，梁启超在《时务报》发表《变法迪议》，指出“法者天下之公器也，变者天下之公理也。”指明变法有四条途径:其一，像日本，自变;其二，如突厥，他人执其权而代变者也;其三，如印度，见并于一国而代变者也;其四，如波兰，见分于诸国而代变者也。吉凶之故，去就之间，其何择焉?主张学习日本，迅速变法，避免印度、波兰那样亡国的命运。
第四，发动“公车上书”，使维新思想发展成为爱国救亡的政治运动。1895年李鸿章跟伊藤博文签订《马关条约》，签完字之后需要两国的皇帝批准，加盖玉玺，用玺之后才能生效，当时日本给的期限是十天。消息传来，康有为正好在北京参加会试，联络各省会试的举人一千三百多人联名给皇帝上书，康有为在上书里说:“闻日本索偿二万万，是使我臣民上下三岁不食乃能给之。若借洋