北角的一块农村根据地站稳了脚跟后，捻军频繁袭击了邻近各省，从而大规模地触发了各地的叛乱。令清廷很是头疼。
捻军问题越来越严重，并且有危及北京之势。他们部队使用了土炮和简单的火器，所以抵挡地方小股绿营军的能力就更强了。有些州县官员甚至出钱送他们离开辖境。
朝廷继续派出曾国藩剿灭捻军。各地动荡的局势使儒家文化建立起来的帝国制度经历了一次严峻考验。从起义军手中收复的城镇，民心需要安抚，民政需要恢复，这对于清朝统治者而言同样是一场考验。清朝出台一套抽取各省财政资源的办法，对于因战争受破坏的地方，田赋豁免。其他地方，鼓励耕作，发放粮种，安抚人民的反抗情绪。在与太平天国的对抗中，逐渐建立起来的地方武装，曾国藩的湘军、李鸿章的淮军、左宗棠的楚军都掌握有强大的军事武装。清廷收敛起一贯的傲慢气焰，大兴科举，增加考试取录名额以笼络人才，防止类似太平天国的出现，笼络更多人才维护清廷统治，客观上造成近代中国人思想进一步腐化。兴办洋务，主要在外交方面，与外国列强谋求共同合作。
三辩定乾坤
如果说，第一次鸦片战争未曾给中国太大的触动，“二鸦”给天朝带来的可是无限创痛。京师被洋人攻破，帝国都城三千多年来头一次被洋人占领，咸丰皇帝仓皇外逃，避难于避暑山庄，还英年早逝一命呜呼。痛定思痛，朝廷决定改弦更张。
由于对如何解决国内重重危机，是否需要向洋人学习以及如何学习等诸多问题上的差异，朝廷官吏分为顽固派和洋务派两大派别。洋务派在中央以奕为代表，在地方以曾国藩、李鸿章、左宗棠、张之洞为代表，主张利用西方先进技术来维护清朝统治，这是洋务运动的目的。两派都是要维护清朝统治，但是怎么维护在手段上是有区别的。一方主张原封不动地维持着就行了，一方说洋一把吧。洋务派跟顽固派进行了三场论战。
第一场就是华夷之辩。顽固派攻击洋务派学习西方先进技术是以夷变夏，要毁弃中国的统治和伦理道德。中国近代的探索举步维艰，小日本为什么一下就成功，甭管我跟谁学了，我都还是日本人。中国几千年都是人家跟我们学，现在我们跟他学，学了以后我还是不是我？中国人这种观念非常强烈